Về nguyên tắc 1 ứng dụng đã chạy tốt trên Win95 thì sẽ chạy tốt trên Win97, 98, 98SE, WinMe và ngược lại. Nếu một ứng dụng nào đó chạy tốt trên WinMe mà không chạy tốt trên Win98 của máy bạn thì nguyên nhân lỗi nằm trên máy bạn: hoặc phần cứng không tương thích hoặc phần mềm đó không tương thích với một số driver hiện hành trên Windows của bạn. Việc kiểm tra nguyên nhân chính xác có thể tốn nhiều thời gian và công sức, do đó nếu ứng dụng đã chạy tốt trên WinMe thì bạn hãy dùng tiếp nó như thế, đâu cần phải cài lại Win98SE làm gì.